Футбольный клуб "ГЕЛИОС" создан 1 декабря 2002 года в городе Харьков. Инициатор создания команды - предприниматель Александр Матвеевич ГЕЛЬШТЕЙН.

Первой соревновательной проверкой для "Гелиоса" стал "Турнир выпускников ХАИ" 2003 года, который прошёл в манеже Харьковской Аэрокосмической Академии. Дебютант занял призовое 3-е место.

С 30 апреля по 2 июля 2003 года "Гелиос" принял участие в групповом турнире Чемпионата Украины среди коллективов физической культуры и спортивных клубов. Харьковчане заняли в группе "3" Чемпионата среди КФК и СК первое место (19 очков, разница мячей 15-3), подтвердив тем самым серьёзность своих намерений выступать в профессиональном первенстве страны среди команд 2-й лиги.

26 апреля 2003 года стартовал очередной чемпионат Харьковской области (высшая лига), который явился первым официальным первенством клуба-новобранца. "Гелиос" успел провести 15 игр, в 13-ти одержал победу, при одной ничьей и одном поражении. Солнечные вынуждены были оставить соревнование, являясь его безоговорочным лидером - 40 очков, разница мячей - 45:12.

Со 2 августа 2003 года по 20 июня 2004 года "Гелиос" выступал в дебютном для команды XIII первенстве Украины среди команд 2-й лиги (группа "В"). Дебютант профессионального футбола выступил более чем достойно: шестое итоговое место в турнирной таблице, в 30-ти играх - 15 побед, 7 ничьих, 8 поражений; разница забитых/пропущенных - 41:32; 52 очка.

Проведя двухнедельный учебно-тренировочный сбор в городе Алушта, 24 июля 2004 года «Гелиос», под руководством ЗТР Украины, МС СССР Игоря Александровича НАДЕИНА, начал выступление в XIV первенстве страны среди команд второй лиги в группе «В».

За три тура до окончания данного первенства клуб Александра ГЕЛЬШТЕЙНА обеспечил себе право играть в следующем сезоне в первой лиге! По итогам XIV первенства "Гелиос" стал победителем в группе "В", набрал 77 очков, одержал 25 побед при двух ничьих и одном поражении; разница забитых/пропущенных - 64:18. Эти показатели - лучшие по всем трём группам II лиги! Показатель "забитые мячи" так же лучший в лиге у "Гелиоса".

В июле 2005 года главным тренером клуба утверждён Владимир Викторович ШЕХОВЦОВ. Проведя тренировочный сбор в Севастополе, 30 июля солнечные стартовали в дебютном для клуба первенстве Украины среди команд первой лиги.

27 сентября исполняющим обязанности главного тренера ФК "Гелиос" назначен Ростислав Игоревич ЛЫСЕНКО. Под его руководством "солнечные" в первом круге первенства Украины среди команд первой лиги провели девять встреч, в которых потерпели лишь одну неудачу: во Львове с минимальным счетом 0:1 уступили «Карпатам»; в восьми других матчах ФК «Гелиос» одержал четыре победы и еще четыре поединка завершил вничью. По итогам первого круга первенства 2005-2006 клуб-дебютант набрал 23 очка и занял 10-е место.

29 ноября 2005 года Р.И. ЛЫСЕНКО утверждён в должности главного тренера ФК "Гелиос".
Из четырёх дебютантов первой лиги в данном чемпионате самые оптимистические прогнозы делались в отношении харьковского "Гелиоса", и команда целиком эти радужные "авансы" оправдывала - и игрой, и результатами; однако, провалив концовку первенства (шесть поражений подряд), подопечные к тому времени уже бывшего главного тренера клуба Ростислава Лысенко смогли финишировать лишь двенадцатыми (44 очка).

1 июля 2006 года игроки и тренерский штаб ФК «Гелиос» собрались на первую после недельного отпуска тренировку. Перед ее началом президент клуба Александр Матвеевич Гельштейн представил коллективу нового главного тренера. Им стал 36-летний Александр СЕВИДОВ, в тренерском послужном списке которого есть бронзовая награда чемпионата Украины-2002/2003, которую он завоевал с донецким «Металлургом».

Приход нового наставника повлек за собой кадровые перестановки в тренерском штабе команды: помогать Севидову в руководстве коллективом стали Сергей Золотницкий и Александр Мартюк; тренером вратарей продолжает работать Владимир Шеховцов; Константин Пахомов, который в двух заключительных матчах сезона-2005/2006 был исполняющим обязанности главного тренера, переведен в «Гелиос-2» в качестве старшего тренера этого коллектива; помогает ему в руководстве второй клубной командой Сергей Вольваков.

21 июля ФК "Гелиос" среди 20-ти команд первой лиги начал выступления в XVI первенстве Украины (2006/2007).